一、基本區(qū)別
1.主體資格不同：子公司具有獨立的主體資格，享有獨立的法人地位。而分公司則不具有獨立的民事和商事主體資格，僅僅是本公司的分支機構(gòu)，不具有法人資格。
2.納稅人身份不同：子公司是獨立納稅人，分公司可能是獨立納稅人（如增值稅），有可能不是獨立納稅人（如企業(yè)所得稅）
3.是否獨立核算：子公司肯定是獨立核算，分公司不一定是獨立核算
二、如何涉稅安排，關(guān)鍵看需要安排什么稅種
1.增值稅安排：子公司和分公司都可以實現(xiàn)
【例】想安排企業(yè)為一般納稅人+小規(guī)模納稅人（享受一些稅收優(yōu)惠政策）的架構(gòu)，子公司和分公司都可以，因為分公司可以單獨成為增值稅納稅人，比如總公司是小規(guī)模納稅人，分公司可以是一般納稅人；反過來也可以。
【提醒】對于符合特定條件的納稅人，經(jīng)審批后，增值稅可以由總機構(gòu)匯總繳納，分支機構(gòu)按審批后的比例預繳。
2.企業(yè)所得稅安排：就要分具體情況了
【例】比如高新技術(shù)企業(yè)優(yōu)惠、小型微利企業(yè)政策，就是按照總分公司口徑享受；母子公司可以分別享受
再如海南自貿(mào)區(qū)、西部大開發(fā)優(yōu)惠政策，分公司和總公司可以分別享受，母子公司也分別享受
3.個人所得稅安排
分公司做了稅務(wù)登記，可以單獨扣繳個人所得稅；子公司肯定單獨扣繳個人所得稅
【例】《關(guān)于建筑安裝業(yè)跨省異地工程作業(yè)人員個人所得稅征收管理問題的公告》（國家稅務(wù)總局公告2015年第52號）：跨省異地施工單位應就其所支付的工程作業(yè)人員工資、薪金所得，向工程作業(yè)所在地稅務(wù)機關(guān)辦理全員全額扣繳明細申報。凡實行全員全額扣繳明細申報的，工程作業(yè)所在地稅務(wù)機關(guān)不得核定征收個人所得稅。
《個人所得稅法》第八條規(guī)定：“個人所得稅以支付所得的單位或者個人為扣繳義務(wù)人”。因此，分支機構(gòu)的個人所得稅的繳納地點會不相同。
實務(wù)中，建筑企業(yè)為避免被在異地工程作業(yè)所在地稅務(wù)機關(guān)核定征收個人所得稅，可以安排分公司辦理全員全額扣繳明細申報，當然也可以總分公司分別辦理全員全額扣繳明細申報（您懂得）。
4.房產(chǎn)稅安排
房產(chǎn)稅的納稅義務(wù)人是產(chǎn)權(quán)所有人，征收機關(guān)是由房屋所在地稅務(wù)機關(guān)，分公司使用總公司的房產(chǎn)，應由分公司在房產(chǎn)所在地申報繳納房產(chǎn)稅。
楊敏會計師
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